Varianti Covid, il sequenziamento rapido grazie a un test low cost

Il Karolinska Institutet 
I ricercatori del Karolinska Institutet hanno sviluppato una tecnologia per la sorveglianza stata della diffusione globale delle nuove varianti di SARS-CoV-2. La tecnica è presentata sulla rivista scientifica Nature Communications
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I ricercatori del Karolinska Institutet in Svezia hanno sviluppato una tecnologia a basso costo per lo studio e la sorveglianza delle nuove varianti del SARS-CoV-2. La tecnica è stata presentata sulla rivista scientifica Nature Communications.

Dall'inizio della pandemia, migliaia di genomi virali sono stati sequenziati per ricostruire l'evoluzione e la diffusione globale del coronavirus, una prassi importante per monitorare le varianti più contagiose, patogene o resistenti ai vaccini esistenti.

Con l'obiettivo di mettere a punto un sistema efficiente quanto economico, i ricercatori del laboratorio Bienko-Crosetto del Karolinska Institutet e del Science for Life Laboratory (SciLifeLab) in Svezia hanno sviluppato un nuovo metodo, chiamato COVseq, che può essere utilizzato per la sorveglianza del genoma virale su vasta scala.

Innanzitutto, molte copie del genoma virale vengono create utilizzando la cosiddetta PCR multiplex (reazione a catena della polimerasi). I campioni vengono quindi etichettati e raggruppati insieme nella stessa sequencing library, utilizzando un metodo precedente sviluppato nel laboratorio Bienko-Crosetto e ora adattato per l'analisi SARS-CoV-2.

"Eseguendo reazioni in volumi molto piccoli e unendo centinaia di campioni nella stessa library, possiamo sequenziare potenzialmente migliaia di genomi virali a settimana a un costo inferiore a 15 dollari per campione", afferma Ning Zhang, che in precedenza ha lavorato come ricercatore post-dottorato presso il Dipartimento di Biochimica e Biofisica Medica, Karolinska Institutet ed è co-primo autore insieme ai dottorandi Michele Simonetti e Luuk Harbers dello stesso dipartimento.

Le analisi comparative di 29 campioni positivi per SARS-CoV-2 hanno rivelato che COVseq aveva una capacità simile al metodo standard per identificare piccoli cambiamenti nel genoma. Le analisi di 245 campioni aggiuntivi hanno mostrato che COVseq aveva anche un'elevata capacità di rilevare varianti emergenti di coronavirus di potenziale preoccupazione.

Il vantaggio chiave di COVseq rispetto ai metodi esistenti è il rapporto costo-efficacia, spiegano gli ideatori. "Il nostro metodo economico potrebbe essere immediatamente utilizzato per la sorveglianza genomica SARS-CoV-2 da parte delle agenzie di sanità pubblica e potrebbe anche essere facilmente adattato ad altri virus a RNA, come i virus dell'influenza e della dengue", dice Nicola Crosetto, ricercatore senior presso il Dipartimento di Medicina Biochimica e biofisica, Karolinska Institutet e ultimo autore dell'articolo.

Lo studio è stato condotto in collaborazione con i ricercatori dell'Ospedale "Amedeo di Savoia" e dell'Istituto dei tumori Candiolo di Torino, Italia. La ricerca è stata supportata da sovvenzioni del Programma di ricerca nazionale COVID-19 SciLifeLab, finanziato dalla Fondazione Knut e Alice Wallenberg, e da sovvenzioni della Fondazione svedese per la ricerca strategica, nonché da donazioni private di Chiesi Pharma AB e Tetra Pak AB.